1） 核算对象不同：不仅要核算预算资金的领取、创收、使用及执行结果，又要核算经营资金活动过程及期结果。而财政会计只核算预算资金的筹集、分配及执结果；行政单位会计仅核算资金的领取、使用及执行结果。
2） 会计结账基础不同：同一个事业单位会计可同时采用“收付实现制”（非成本核算单位）和“权责发生制”（成本核算单位）。
3） 会计核算内容不同：事业单位会计核算内容较财政、行政单位会计更广，不仅要核算预算收支余超，还核算成本费用，计算收益。
4） 会计科目设置，会计报表种类不同：事业单位会计既有预算资金收支科目，又有成本费用科目。
WHY？对非成本核算单位的预算采用“收付实现制”？——
A、 可以正确反映预算收支执行情况；B、落实财政结余；C、及时编制会计报表，体现事业效果。3. 财政会计对一般预算收入应如何审核？P84
凭证的审核：除一般数字关系等技术性审核外，还应产重审核以下方面：
A、 审核预算级次——属于中央预算的固定收入，不能作为地方预算固定收入；属于上级预算的固定收入，不能作为本级预算的固定收入；上下级预算之间和中央与地方预算之间分成收入，不能作为本级预算和地方预算的固定收入。
B、 审核预算科目——对于错用国家预算收入科目的，太及时办理更正，以免影响国家预算收入的分类分析和检查预算缴款部门的收入任务的完成情况。
C、 审核分成比例——应审核应计分成收入的收入总额的计算是事准确无误，分成比例是否按上级财政部门的文件规定执行。
财政会计办理一般预算收入的核算，主要是以国库报表的“预算收入日报表”和所附的缴款凭证为依据来核算。